함초 씨 파종 후 관수는 필수적이다. 함초는 짠 토양에서 생육하는 염생식물로서 반드시 민물에 의해 발아가 이루어지기 때문이다. 이를 인지하지 못 하였던 10여 년 전에는 수 만여 평의 면적에 씨를 뿌리고도 싹을 틔우지 못해 함초재배를 실패한 사례가 종종 있었는데 그 실패의 첫 번째 원인은 바닷물 관수였으며, 두 번째 원인은 민물의 부족이었다. 즉 함초를 파종하면서 바닷물을 관수함으로 염분에 의해 발아가 억제되는 것이었으며, 비가 내리지 않거나 민물 관수가 이루어지지 않으면 4~5월 의 기온에 토양이 메말라 발아를 이루지 못하기 때문이다.

함초는 개펄 속 염분을 비롯한 각종 원소 흡수력이 강함으로 주기적으로 액비 시비와 염도, 특히 장마철 민물에 잠기면 고사함으로 배수 관리를 철저히 해야 한다.

밀식성장에 따른 병충해를 막고 생산량 증대를 위해 함초가 싹이 터 4~5cm에 이를 때 반드시 솎아주기를 하고, 특히 방동사니, 나문재, 새발쟁이는 그 번식이 강함으로 어릴 때부터 제거해야 한다. 종묘 수에 다르지만 2~3회 솎아주기를 하는데 이때마다 잡초를 뽑아 주며, 솎은 함초는 나물, 샐러드, 주스, 피클용으로 이용한다.

밀식성장을 방치할 경우 왕성하게 성장하는 시기(7~9cm)에 염분을 비롯한 토양의 영양결핍으로 웃자랄 뿐만 아니라 병충해에 약해짐으로 이때는 함초 부산물 발효액비에 천일염을 투입(염도 1.5~2도)하여 옆면 시비한다. 함초는 염분을 함유하고 있어 일반작물에 비해 병충에 강하지만 민물을 많이 흡수하게 되면 자체 염분함량이 낮아져 하단 부위가 노랗게 물들고 그 이후 병충해가 발생하게 되는데 이럴 때는 초기에 바닷물로 옆면 방제하거나 천일염을 뿌린다.